Фамилия образована от личного прозвания родоначальника Рыженко. Первоначально фамилия Рыженков означала «сын человека по прозвищу Рыженко» или «Рыженков сын». Прозвание Рыженко мог получить человек с рыжим цветом волос. На Руси таких людей считали особенно счастливыми и удачливыми.
Возможно, что фамилия Рыженков была русифицирована из украинской фамилии «Рыженко». Русификация украинских фамилий с суффиксом « — ко» происходила путем придачи к нему окончания «в», в результате чего фамилия приобретает вид будто оно заканчивается суффиксом « — ов ». Украинские фамилии русифицировали писцы, а также сами носители с целью облагораживания или для перехода из состояния малороссов в великороссы.
Впервые фамилия Рыженков была зафиксирована в качестве фамилии в XVII веке. В исторических документах отмечены: сын боярского помещика Обояньского уезда Рыженков Митрофан Федорович (1684); сын боярского помещика Обояньского уезда Рыженков Михаил Никонович (1684); житель Курского уезда Подгородного стана Рыженков Михаил (1720) и другие.
Известно, что представители фамилии Рыженковы получили землю в с. Малые Крюки и с. Покровском Обоянского уезда Курской губернии (отмечено в «Писцовой и межевой книге города Обояни 1684 года). Фамилия Рыженков также отмечена среди дворян Курской губернии XVII века: Михаил Никонов сын Рыженков.